Матрица: Перезагрузка

Прошло шесть месяцев после событий первого фильма. Повстанцы узнают страшную весть: машины копают землю, чтобы добраться до Зиона — единственного города людей. Командор Лок приказывает всем кораблям вернуться в город, чтобы приготовиться к защите. Однако, Морфеус, капитан корабля «Навуходоносор», не выполняет приказ, веря, что оракул Пифия скоро свяжется с Нео, чтобы рассказать оставшуюся часть пророчества. Однако «Навуходоносору» требуется подзарядка, и Морфеус вынужден вернуться в Зион, оставив на связи с Оракулом корабль «Кадуцеус». Капитан Баллард, капитан «Кадуцеуса», получает сообщение от Пифии. Но во время выхода из Матрицы, в одного из членов команды «Кадуцеуса», Бэйна, вселяется оживший Смит. Таким образом, Смит попадает в реальный мир.

Нео видит кошмары о смерти Тринити, которую очень боиться потерять. Морфеус лично предупреждает жителей Зиона о приближающейся опастности нападения машин. Нео получает сообщение от Пифии и Морфеус немедленно покидает Зион, без разрешения командора Лока.
Большая Драка
Большая Драка

Нео входит в Матрицу для встречи с оракулом. Он встречает Серафа, охранника Пифии, с которым ему приходиться сражаться, чтобы доказать свою избранность. Нео наконец встречает оракула. Пифия сообщает ему, что она, как и многое в Матрице — программа. Нео узнает, что ему нужно пробраться к Источнику Матрицы. Для этого Нео должен отыскать Мастера Ключей, которого держит у себя в плену устаревшая программа — Меровинг. Оракул уходит, оставив Нео наедине. Вдруг появляется Смит. Нео раньше думал, что уничтожил его, но Смит объясняет, что он ожил, теперь являясь как бы инородным телом в Матрице и он и Нео теперь каким-то образом связаны. Какая-то часть Нео перешла к Смиту, серьезно его изменив. Смит получил возможность заражать жителей Матрицы (размножаться). Нео ввязывается в большую драку с сотней копий Смитов. Поняв бессмысленость схватки, Нео улетает в небеса.
Нео останавливает пули.
Нео останавливает пули.

Нео, Морфеус и Тринити навещают Меровинга, который отказывается отдать им Мастера Ключей. Однако, его жена — Персефона, в наказание мужу за его былые проделки, помогает Морфеусу, взамен поцелуя Нео. Нео получает Мастера Ключей. Но неожиданно приходит Меровинг с несколькими охранниками-вампирами. Морфеус, Тринити и Мастер Ключей убегают, а Нео остается, чтобы сразиться с людьми Меровинга. С помощью холодного оружия он легко с ними расправляется, но оказывается запертым в замке за несколько миль от города.

В это время Тринити и Морфеус сражаются с Близнецами, которые обладают возможностью превращаться в призраков. Тринити крадет машину и они вместе с Мастером Ключей выезжают в город. Начинается большая погоня по шоссе, в ходе которой появляются Агенты. Морфеус убивает Близнецов, взорвав их в машине. Тринити в это время пытаеться уехать с автострады на мотоцикле. Морфеус забирает Мастера Ключей на крышу грузовика, где он вынужден сражаться с Агентом. Агенты сталкивают этот грузовик с другим, пытаясь убить и Морфеуса, и Мастера Ключей. Но в последний момент их спасает Нео, поймав в воздухе.

Мастер Ключей рассказывает, что Источник находиться в небоскребе на секретном этаже. Чтобы туда проникнуть, нужно отключить электричество в 27 районах города, после чего у Нео будет всего 314 секунд, чтобы добраться до нужной двери. В помощь Морфеусу прибывают еще два капитана, которые готовы помочь ему в осуществлении этого безумного плана. Нео просит Тринити остаться, боясь исполнения своих видений.

Во время проведения операции команда одного из кораблей погибает, не отключив электричество у нескольких районов, что может привести к неминуемой гибели Нео. Тринити вопреки своему обещанию входит в Матрицу и отключает электричество в оставшихся районах. Нео добирается до нужной двери. Мастер Ключей смертельно ранен Смитом, пробравшимся в небоскреб, но успевает отдать Нео ключ от Источника и сказать Морфеусу, как он сможет выйти из Матрицы.
Нео и Архитектор.
Нео и Архитектор.

Нео входит в Источник и встречает Архитектора, создателя Матрицы. Архитектор сообщает Нео, что пророчество — фикция, сделанная лишь для того, чтобы спасти вид людей от гибели. Машины уничтожали Зион уже пять раз. Задачей Избранного было отбирание нескольких людей для продолжения рода и перезагрузка Матрицы. Нео узнает, что Тринити вступает в схватку с Агентом, из которой она не выйдет живой. Архитектор предлагает Нео выбор: или он смиряется с гибелью Зиона и перезагружает Матрицу, спасая тем самым людской вид, или он спасает Тринити, но обрекает людей на уничтожение. Нео решает спасти Тринити.
Нео понимает, что имеет силу вне Матрицы.
Нео понимает, что имеет силу вне Матрицы.

На «Навуходоносоре» Нео рассказывает все Морфеусу, который понимает, что всё, во что он верил, было лишь выдумкой. В это время на корабль нападют Стражи. Команде приходиться бежать с корабля, наблюдая его уничтожение. Неожиданно Нео чувствует, что-то странное в себе. Он останавливает Стражей, уничтожив их одной силой мысли, но сам теряет сознание.

Морфеуса и его команду находит корабль «Мьёлнир». Они узнают, что они не единственные выжившие. Выжил еще один — Бэйн, в которого вселился Смит.